Ο Επιστημονικά Υπεύθυνος του Οικοτροφείου έχει τα κάτωθι γενικά καθήκοντα:
α. Ο Επιστημονικά Υπεύθυνος μπορεί να έχει την επιστημονική και διοικητική ευθύνη μιας ή περισσότερων δομών Ψυχικής Υγείας. Πρέπει να έχει εκπαίδευση και εμπειρία σε διαδικασίες Ψυχοκοινωνικής Αποκατάστασης. Ο διορισμός του αποτελεί απαραίτητη προϋπόθεση της λειτουργίας της Μονάδας Ψυχικής Υγείας και προϋποθέτει απόφαση του διοικούντος οργάνου του φορέα στον οποίο ανήκει η Μονάδα αυτή.
β. Ο Επιστημονικά Υπεύθυνος εισηγείται τον διορισμό της Πολυκλαδικής Θεραπευτικής Ομάδας καθώς και την πλαισίωσή της με επιπρόσθετες ειδικότητες. Προσδιορίζει τον αριθμό των εργαζομένων στη Μονάδα, ανάλογα με την χρονική φάση της λειτουργίας της, το βαθμό υποστήριξης και τη λειτουργικότητα των ενοίκων.
γ. Ο Επιστημονικά Υπεύθυνος ασκεί τη συνολική εποπτεία της λειτουργίας της Μονάδας επιστημονικά, διοικητικά, διαχειριστικά και εκπαιδευτικά, σε επίπεδο σχεδιασμού, οργάνωσης και αξιολόγησης των θεμάτων που αφορούν τους ενοίκους, το προσωπικό και τις διαδικασίες λειτουργίας για τη διασφάλιση υψηλού επιπέδου ποιότητας των παρεχόμενων υπηρεσιών.
δ. Ο Επιστημονικά Υπεύθυνος έχει την ευθύνη συντονισμού της Πολυκλαδικής Θεραπευτικής Ομάδας και οργάνωσης της καθημερινής λειτουργίας της δομής.
ε. Ο Επιστημονικά Υπεύθυνος οριστικοποιεί και εποπτεύει το πρόγραμμα λειτουργίας της Μονάδας και τα ατομικά θεραπευτικά προγράμματα των ενοίκων που έχει καταρτίσει η Πολυκλαδική Θεραπευτική Ομάδα. Καταθέτει τα παραπάνω στον Δ.Σ. του φορέα στον οποίο υπάγεται η στεγαστική δομή, οι οποίοι έχουν και την από κοινού αρμοδιότητα ελέγχου σχετικά με την πλήρη και ακριβή εφαρμογή τους.
ζ. Μαζί με τη Διοίκηση του φορέα στον οποίο ανήκει η Μονάδα, εισηγείται στην Τομεακή Επιτροπή Ψυχικής Υγείας τις διαφοροποιήσεις των Οικοτροφείων οι οποίες μπορούν να γίνουν με έγκριση της Διεύθυνσης Ψυχικής Υγείας.
η. Ο Επιστημονικά Υπεύθυνος εισηγείται προς έγκριση στην αντίστοιχη Τομεακή Επιτροπή Ψυχικής Υγείας το πρόγραμμα εβδομαδιαίου χρόνου απασχόλησης του κάθε μέλους του προσωπικού καθώς και την κατανομή του χρόνου μέσα στο εικοσιτετράωρο, σύμφωνα με τις ανάγκες του Οικοτροφείου.
θ. Υποβάλλει έκθεση στην Ειδική Επιτροπή Ελέγχου Προστασίας των Δικαιωμάτων των Ατόμων με ψυχικές διαταραχές του αρ.2 του Ν.2716/99, όταν αυτό απαιτείται όπως π.χ. σε περιπτώσεις καταπάτησης δικαιωμάτων.
Πιο αναλυτικά ο Επιστημονικά Υπεύθυνα έχει ως γενικά καθήκοντα :
Συχνά ο Επιστημονικά υπεύθυνος αναλαμβάνει και καθήκοντα Διοικητικού και Οικονομικού υπεύθυνου της δομής, με τα εξής γενικά καθήκοντα: